1. Sezon

Bir virüsün insanlığın çoğunu yok etmesinden 27 yıl sonra, bilim insanları salgının hiç yaşanmaması için bir adamı 2015'e geri gönderir. Cole'un tek ipucu, salgının tehlikeli kaynağını bilen bir virologdur.

Gizemli bir örgüt olan '12 Maymun Ordusu'nun izleri, Cole'u 2015'teki bir akıl hastanesine götürür. Burada bir hasta, dünyayı yok eden vebanın anahtarını tutmaktadır. Bu sırada, müdahalesinin tarihin akışını bozabileceği uyarılarına rağmen Dr. Railly, ona yardım etmek için hayatını riske atar.

Cole virüsün yerini arayışında kendini 2014'te bulur ve Dr. Railly'nin hayatında Haiti'deki tehlikeli bir salgınla ilgili yıkıcı bir ana tanık olur.

Geçmişi kurtarma görevini tehdit eden ve Cole ile Ramse'in peşindeki tehlikeli bir yağmacı çetesinin neden olduğu gelecek için bir savaş başlar.

Cole ve Dr. Railly, bir gün dünyayı yok edecek virüsü barındıran gizli bir kara operasyon laboratuvarı olan Gece Odası'nı keşfettiklerinde 12 Maymun Ordusu ile karşı karşıya gelir.

Gece Odası'nın trajik olayları 2043'te alternatif bir gerçeklik yarattığında, Cole geleceğini riske atıyor.

Cole, Dr. Railly ve Aaron, virüsün Çeçenistan'da biyolojik silah olarak kullanılmasını engellemeye çalışıyor.

The Core that powers the time machine is fading. To get Cole back from the past, Jones must convince her former colleagues at the military operation "Spearhead" that her mission is worth saving.

Cole kendini vebanın zirve yaptığı 2017'de bulur. Jones, çaresiz kalınca Core'u değiştirmek gibi imkansız bir seçimle karşı karşıya kalır.

Tüm güçler çatışma noktasına geldiğinde, Ramse yeni bulduğu ailesini korumak için gerekeni yapar ve Cole'u sonuçlarla baş başa bırakır.

Cole son bir umutla 12 Maymun Ordusu'nu durdurmak için Tokyo'ya, 1987'ye ışınlanır.

Cole, zaman yolculuğunun etkilerinden ölürken, Railly onu kurtarabilecek tek kişiyi bulmak zorundadır.

Cole ve Railly, en yakın düşmanlarıyla son bir hesaplaşmaya girişirken, Jones, başardığı her şey için yeni bir tehditle karşı karşıya kalıyor.