3. Sezon

Gordon, canavarlarla dolu bir Gotham'da ödül avcısı olarak çalışır ve Indian Hill kaçakları ile güçlerinin neden onları öldürdüğü hakkında cevaplar aramaktadır. Bu sırada, Bruce'un tıpkısı sokaklarda dolaşırken, Barbara ve Tabitha The Sirens adında yeni bir gece kulübü açarlar.

Fish Mooney takes matters into her own hands to locate Hugo Strange, forcing Gordon to reluctantly team up with journalist Valerie Vale to find her. Penguin rises in popularity after criticizing the work of the GCPD and Bruce's investigation of the Court of Owls is compromised. Meanwhile, Ivy Pepper is reintroduced into Gotham city.

Hypnotist Jervis Tetch/Mad Hatter arrives in Gotham to search for his sister, Alice, and hires Gordon to help find her. Meanwhile, Penguin decides to run for mayor and Bruce's doppelganger begins to channel him, causing some confusion around town.

Penguen, Gotham belediye başkanlığı adaylığına yaklaşırken güç kazanıyor. Bu sırada Gordon, ödül için Alice'i GCPD'ye teslim ediyor. Ayrıca Bruce ve Alfred, Bruce'un kimliğine büründüğünü öğrendikleri benzerini bulmak için yarışıyor.

Gotham'da suçlar zirve yapmıştır; Penguin, şehre verdiği sözleri tutmakta zorlanmaktadır. Bu sırada Butch, namlı Kızıl Başlık Çetesi ile karanlık bir yola girer ve Bruce, Ivy'nin nerede olduğunu araştırmaya başlar.

Çılgın Şapkacı'nın hedefindeki yeni kurbanlar, Jim Gordon'u zor kararlar almaya zorlar. Bu sırada, Penguen ve Nygma'nın ilişkisi evrilir ve Nygma'nın hayatına tanıdık bir yüz yeniden girer.

Mad Hacı'nın eliyle bir maddeyle temas eden Jim Gordon, psikedelik bir yolculuğa çıkar ve geçmişi, bugünü ve geleceğiyle yüzleşmek zorunda kalır. Bu arada Penguin, Nygma'nın yeni ilişkisiyle mücadele eder.

Son bir olayın etkileri Barnes'ın delirmesine neden olmaya başlar; Nygma, Isabella ile ilişkisinde sorun yaşamaktadır; Carmine Falcone, Lee ve Mario için bir nişan partisi düzenler.

Gordon and Bullock sift through evidence from the murder at Lee and Mario's engagement party; Ivy discloses her identity to Selina and Bruce.

Mario ve Lee'nin prova yemeği arifesinde bir tehdit ortaya çıkar ve Falcone, Jim'den yardım ister. Bu sırada Nygma intikam peşindedir ve Bruce, Baykuşlar Mahkemesi hakkında daha fazla şey öğrenir.

Gotham'da virüs yayılmaya başlarken, tedavi üzerinde çalışan laboratuvarın güvenliği tehlikeye girer. Mario ve Gordon, düğün öncesinde karşı karşıya gelir. Selina beklenmedik bir yüzle tanışır ve Barbara, Isabella hakkındaki bir bilgiyle Nygma'ya gelir.

Falcone, Mario'yu vurduğunu öğrenince Gordon'a suikast düzenletir. Gordon ve Bullock, Jerome'un bir takipçisini bulur; bu takipçi onu diriltmeyi planlamaktadır. Bu sırada Penguin, Belediye Başkanlığı kariyerinin en büyük televizyon röportajı öncesinde kontrolden çıkar. Bruce ve Selina ise Selina'nın annesinin Gotham'a dönüşüyle başa çıkmaya çalışır.

Gordon ve Bullock'tan kaçan Dwight, Jerome'u diriltmeye çalışırken, bu hareket onun Gotham City'deki müritlerini harekete geçirir. Bu sırada Selina'nın annesinin Gotham'daki niyetleri ortaya çıkar ve Barbara'nın planları devreye girerken Penguin ile Nygma arasındaki güç oyunu kızışır.

Jerome'nun gözüne bir hedef kestirip serbest kalmasıyla, Bruce ve Alfred'in güvenliği tehlikeye girer. Bu sırada Gordon'un amcası Frank onu ziyaret eder ve Nygma ile Penguen, ölümcül sonuçlar doğurabilecek bir yüzleşmeye zorlanır.

Nygma, Başarılı Olmak İçin Penguin'e İhtiyacı Olmadığına Kendini İnandırır ve Kendini Gotham'a "Bilmeceli" Olarak Tanıtmaya Başlar. Bullock ve Lucius Fox, Nygma'nın Akıl Oyunlarına Takılırken, Gordon Babasının Ölümüyle İlgili Endişe Verici Haberler Alır. Bu Sırada, Baykuşlar Mahkemesi Bir Sonraki Hamlesini Açıklar.

Baykuşlar Mahkemesi, Gotham'ın geleceğiyle ilgili yeni bir plan yaparken, Gordon babası ve amcasının geçmişiyle ilgili bir şeyler öğrenir ve bu da onu örgüte bağlar. Bu sırada Bruce tapınakta uyanır ve Şaman'ın ondan dileğini öğrenir.

Gotham'ın en dengesiz kötü adamlarından bazıları bir araya gelirken, Bilmececi şehri fethetmeye devam ediyor. Gordon cevaplar arıyor ve tüm yollar onu sürekli Baykuşlar Mahkemesi'ne götürüyor. Bu arada Alfred, Bruce'ta bir değişiklik fark etmeye başlarken, Bruce 2 sırlarını Selina ile paylaşıyor.

Gordon, Gotham'ın yıkımı için Baykuşlar Mahkemesi'nin kullanmayı planladığı silahın izini sürüyor. Kathryn ve Tapınak Şamanı, Bruce'a bir sonraki hamlelerini anlatıyor. Ivy, Selina'ya yardım teklif ediyor.

Tapınak büyücüsü Bruce'u eğitiminin bir sonraki aşamasına götürür; Gordon ve Bullock, Gotham'ın yeraltı dünyasının en büyük sırlarını taşıyan kristal bir baykuş bulur; Nygma ve Penguin zor bir durumdan kurtulmak için birlikte çalışmak zorundadır.

Gordon races against the clock to save the city from the Alice Tetch Virus, when Lee Thompkins intercepts with a plan of her own. Also, Alfred sees a big change in Bruce Wayne after his work with The Shaman. Meanwhile, some of Gotham's most deranged villains band together.

Ölümcül virüs şehre yayılırken panzehir arayışı devam ederken, Fish Mooney, Bilmececi ve Penguen kendi planlarını ortaya koyar. Bruce, Ra's al Ghul ile tanışır ve kaderini yerine getirmek için son görevini tamamlar, ancak geçmişini bırakamayacağını fark eder. Bu arada Gordon, Lee'yi geri kazanmaya çalışır ve Gotham Şehri'ndeki eski ittifaklar bozulurken yenileri kurulur.