3. Sezon

Geleceğe bir bakışın ardından, Nathan'ı vuran kişi ortaya çıkar. Matt onu kovalar ve kendini bir çölde bulur. Hiro, babasından önemli bir mesaj alır. Sylar, Claire'i ziyaret eder. Maya, Mohinder'a araştırması için bir fikir verir. Nathan iyileşir ve Linderman onu ziyaret eder.

Sylar goes to the Company and inadvertently releases 12 super-powered criminals in a fight with Elle. Future Peter tries to fix his mistake. Angela takes over the company. Claire learns more about her powers. Hiro and Ando travel to Paris to track down the speedster who robbed them. Maya discovers that Mohinder's injection has changed him. Matt meats Usutu, an African with a familiar power.

HRG and his new partner go to a local bank heist with four villains; including Peter being trapped in one of them. Hiro and Ando track Daphne to Germany, and meet the Haitian. Tracy Strauss goes to New Orleans to find out more information about Niki. Meredith teaches Claire a lesson about fighting. Usutu shows Matt a series of paintings about him.

Peter, dünyayı kurtarmak için geleceğe gider ve tehlikeli bir yetenek edinir. Bu sırada Mohinder, formülden kaynaklanan devam eden evrimiyle mücadele eder; Hiro ve Ando ise eski bir düşmanlarıyla yeniden bir araya gelir.

Claire, kötülerden biriyle tek başına baş etmeye karar verir, ancak sandığı kadar yenilmez olmayabilir. Nathan ve Tracy, kökenleri hakkındaki gerçeği araştırır. Maya şok edici bir keşif yapar. Hiro ve Ando, en beklenmedik yerlerde yardım ararlar.

Kötü adamlar Knox ve Daphne, Hiro ve diğerlerini Pinehearst çatısı altına katmak için bir arayış içindedir. Angela ve Company son olaylardan dolayı felç olmuş durumdadır. Peter cevaplar aramak için Pinehearst'e gider ancak kurucunun kim olduğunu öğrenince şoka uğrar. Claire ve Sandra, insanları zihinsel ve fiziksel olarak kontrol etme yeteneğine sahip kötü adam Doyle'un pençesinden Meredith'i kurtarmak için bir göreve çıkarlar. Nathan ve Tracy, Mohinder'ın yardımıyla kökenlerini izlemeye çalışır.

Trapped, Nathan and Tracy must fight to save their lives against Suresh, who has changed dramatically. Elle returns with shocking news for Claire and her family. Meanwhile, Angela tries to convince Sylar to save Peter; Daphne is ordered to kill Matt or she will be killed herself; and Hiro questions Usutu's advice.

Hiro, Arthur Petrelli'nin geçmişine dalarak onun rakip bir şirket olan Pinehearst'ı yaratmasının ardındaki gizemi ve Angela'ya duyduğu nefreti çözmeye çalışır. Suçluluk duygusuna kapılan Sylar, katil tavırlarını durdurmaya çalışırken, HRG ve Elle onun kanı için birbirleriyle yarışır. Meredith'in eğitimi, erkek kardeşinin gelişiyle birlikte havaya uçar.

Nathan, babasının planlarını öğrenirken, Flint ve Knox, Hiro, Ando, Peter ve Claire'e saldırılar düzenler. Bu sırada Matt, Angela'yı canlandırmaya çalışır, Sylar, Elle ile buluşur ve Mohinder en yeni süper güç formülünü test etmeye başlar.

The eclipse plays havoc with the heroes' powers. Arthur orders Elle and Sylar to bring in Claire. Hiro, Ando, and Matt follow Daphne to her hometown to learn what hold Arthur has on her, and Peter and Nathan travel to the Haitian's hometown to recruit him for the war with Pinehearst.

Tutulmadan kaynaklanan kaos devam ediyor. Sylar ve Elle, HRG'in gazabıyla yüzleşiyor. Peter, Nathan ve Haitili, Baron Samedi'ye karşı savaşıyor. Ando, Sam ve Frack, Hiro'nun hafıza kaybına yardım etmeye çalışıyor.

Arthur'u durdurmak için Hiro ve Claire birleşip Kaito'nun Claire'i H.R.G.'ye verdiği zamana geri dönerler. Bu arada Peter ve Haitili, Arthur'u durdurmak için yola çıkarlar ancak Sylar tarafından durdurulurlar ve Suresh formülle ilgili bir atılım yapar.

Arthur'a karşı hesaplaşmanın ardından Nathan ve Peter birbirlerine düşer ve Nathan tüm dünyayı etkileyecek bir karar alır. Bu sırada Sylar, Claire, H.R.G., Meredith ve Angela'yı Primatech'te rehin tutar; Ando, Matt ve Daphne Hiro'yu kurtarmaya çalışır ve tek umutları Suresh'te olabilir.

Primatech ve Pinehearst'ın yok edilmesinden ve Arthur Petrelli'nin ölümünden sonraki üç hafta içinde, şimdilerde kötüleşen Nathan intikam duygusuyla ortaya çıkar ve ABD Başkanı'nı ve hükümeti tüm özel yeteneklere sahip insanları toplamaya ikna eder. Bu da Claire, Ando, Hiro, Matt, Peter ve Tracy'nin eski müttefikleri olan kişilerden kaçak duruma düşmelerine yol açar.

Beklenmedik bir dizi olayın ardından, Kahramanlarımız son düşmanlarından ve kendi içlerinden biri olan Nathan Petrelli'den kaçmaktadır. Matt bir dizi kehanet dolu resim çizdikten sonra, kendisine yakın birinin trajik kaderi ortaya çıkar. Başka bir yerde, Sylar babasını aramaya devam eder ve bilgiye sahip, ayrıca kendi gücü olan genç bir dışlanmışla karşılaşır.

Nathan'ın planları, Amerika Birleşik Devletleri Başkanı'nın doğrudan emriyle Homeland Security'nin bir soruşturma başlatmasıyla açığa çıkma tehlikesiyle karşı karşıya kalır. Sylar ve Luke, Sylar'ın babasını bulmak için bir yolculuğa çıkar, ancak Nathan'ın ajanları tarafından gizlice avlanmaktadır. Claire, güçlerine sahip genç bir adamı HRG tarafından yakalanmaktan korumak için harekete geçince Bennet ailesi için hayat karmaşık bir hal alır. Başka bir yerde, Matt'in kehanet dolu görüntüleri Hiro ve Ando'yu Hindistan'a yönlendirir ve gizemli bir müttefik, Kahramanlarımızın yardımına koşar.

HRG, rehin tutulduğu sırada Matt Parkman'ın kendine özgü sorgulama yöntemine maruz kalır ve bu süreçte Nathan'ın yeteneklileri yakalamak için kurduğu hükümet planına nasıl dahil olduğu ortaya çıkar. Bu arada Matt'in keşifleri, Peter'ı 'Avcı' ile yüz yüze getirir.

"Asi"den bir ihbar alan Matt ve Peter, Daphne'yi kurtarmak ve hükümetin yeteneklilere yönelik planlarını ifşa edecek dosyaları ele geçirmek için Binası 26'ya doğru yarışır. Claire, Alex'i şehirden kaçırmak için beklenmedik bir kaynaktan yardım alır. Sylar ve Luke yolculuklarına devam ederken, Sylar bir yandan annesi hakkındaki gerçeğe götürecek olan babasına dair anılar yaşamaya başlar. Bu sırada, "Avcı" kendi planını harekete geçirir ve kahramanlarımızdan biri için patlayıcı bir sürpriz hazırlar.

When Sylar comes face-to-face with his long lost father, the reunion proves to be what he least expected. Elsewhere, after receiving a tip from "Rebel", Claire must decide if she will help her sworn enemy, Eric Doyle, evade capture. Meanwhile, as "The Hunter" plans to uncover the Petrelli family's secrets and take control of Nathan's operation, Matt finds himself in the spotlight and on the verge of leveling Capitol Hill.

HRG, 'Avcı' lakaplı Emile Danko'yu, Tracy'yi Bina 26'dan serbest bırakmaya ikna eder, umuduyla onların 'Rebel'ı bulmasına yardım edecektir. Angela yakalanmaktan kaçarken, yardım için eski bir arkadaşına başvurur. Los Angeles'te Hiro ve Ando, 'Rebel'ın en yeni kahramanı koruma görevine devam ederler.

Nathan'ın yeteneğinin ortaya çıkması ve operasyonun kontrolünü kaybetmesi üzerine, o ve Claire Meksika'da saklanmaya başlar. Emile Danko hükümet operasyonunun kontrolünü eline geçirince, beklenmedik bir ortakla iş birliği yaparak yetenekli herkesi yok etme planını harekete geçirir. Bu sırada Angela ve Peter bir kiliseye sığınır ve bozulan ilişkilerini onarmaya başlarlar.

Danko hükümet operasyonuna liderlik ederken, ona yakın biri ateş hattına girdi. HRG'nin hayatı kontrolden çıkmaya devam ediyor ve evliliği kırılma noktasına tehlikeli bir şekilde yaklaşıyor. Buh arada, Hiro ve Ando Matt Parkman için özel bir teslimatla yolculuklarına devam ediyor. Elsewhere'da, Angela Petrelli geçmişinin şeytanlarını ortaya çıkarıyor.

As Nathan, Claire, Peter and H.R.G. help Angela uncover her past, she reveals the dark secrets that have haunted her for years. Meanwhile, Mohinder learns of his father’s involvement in a long forgotten government operation.

Sylar, sıra dışı ortaklığını sürdürür ve beklenmedik bir kimlik krizi yaşamaya başlar. Hiro ve Ando, Bina 26'yı yıkmak için harekete geçer. Bu sırada Matt'in yeni babalığı önceliklerini değiştirir. Başka yerde ise Nathan, hükümet operasyonunun yanlışlarını düzeltmek için bir planı devreye sokar.

Nathan, Silas'ın Başkan'la buluşmasını engellemek için ona karşı koyar. Silas'ın yeni ortağı için kendi planları vardır. Bu arada Hiro, yeteneğini geri kazanmanın sonuçları olduğunu öğrenir. Başka bir yerde Matt, ailesiyle geleceğini korumak için olağanüstü çabalara mecbur kalır.