2. Sezon

Sylar ve Peter arasındaki hesaplaşmanın üzerinden dört ay geçmiştir ve yeni Kahramanlar ortaya çıkar. Bunların arasında kardeşler Alejandro ve Maya da vardır. Hiro geçmişte kalmıştır, ama bundan ne sonuç çıkacak? Biri ölür ve biri ölü değildir. Claire, babası ve ailenin geri kalanı yeni bir hayata başlar.

Peter, geçmişini bilen İrlandalı gangsterlerin arasına karışır. Hiro, geçmişe yolculuğunun yarattığı hasarı kontrol altına almaya çalışır. Kensei'in gücü ortaya çıkacaktır. Suresh, Haitili'yi bulup iyileştirir. Matt, Bay Nakamura'nın cinayetini araştırır. West, Claire'in güçlerini öğrenir. Maya ve Alejandro Meksika'ya girer ve güçlerinin yardımdan çok engel olduğunu keşfeder.

Suresh, Isaac Mendez'in birinin ölümünü gösteren keşfedilmemiş bir tablosunu bulur; Maya, Alejandro'yu bir Meksika hapishanesinden kurtarır; geçmişte Hiro, Kensei hakkında yeni bir şey keşfeder; Niki ve Micah, geçmişlerinden kaçmak için Las Vegas'tan ayrılır. Claire ve West küçük bir geziye çıkar.

Monica, Micah, Nana ve Damon ile çalışırken yeni yetenekler sergilemeye başlar. Nana, Micah, Monica ve Damon'ın büyükannesidir. Şu anda hepsi New Orleans'ta yaşamaktadır. Matt, Molly'den rüyasındaki adamı bulmasını ister. Bu adam, Kahramanlara yönelik en yeni tehdit olabilir. Maya ve Alejandro, ABD'ye yolculuklarına devam ederler. Claire ve babası birbirlerinden şüphelenmektedir. Angela, birçok sırrını açığa çıkarır.

Elle adında bir kadın Peter'ı arıyor. Ando geçmişte Hiro'yu arıyor. Matt, Molly'nin rüyalarındaki adamı arıyor. HRG, ailesini ve kendini korumak umuduyla bir adım daha atıyor.

Peter bir arayışa çıkar. West, Claire'i birine karşı durmaya ikna eder. Hiro, Yaeko'ya olan hisleriyle mücadele eder. Suresh, Şirket'le daha fazla sorun yaşar. HRG, Isaac'in resimlerinden daha fazlasını bulmaya çalışır. Alejandro, Sylar'a güvenmez.

Peter ve Caitlin, kahraman virüsünün son evre etkilerini öğrenirler. Birçok kahraman, Kâbus Adam'la savaşmak için birlikte çalışır. West, Claire'in babasının kimliğini öğrenince şok olur. Hiro ve Kensei'nin yolculuğu sona erer.

Kayıp dört ayın olayları inceleniyor. Maya ve Alejandro kaçmak zorunda kalır, Peter'ın İrlanda'ya nasıl gittiği ve Nathan, Nikki ve D.L.'ye ne olduğu açıklanıyor.

Bay Bennet, Şirket'in onları bulduğunu düşününce ailesini taşımaya hazırlanır, ancak Claire bu fikri beğenmez. Hiro günümüze döner ve babasının ölümünü öğrenince, bunu durdurmak için zamanda geriye yolculuk yapar. Bu sırada Matt, yeni zihinsel yeteneklerinde ustalaşmak için çalışır.

Peter, virüsü yok etmek için Teksas'taki Primatech'e gider, ancak her şey göründüğü gibi değildir. Hiro, babasının katilini takip etmeye devam ederken, Matt fotoğraftaki son Şirket üyesini takip eder. Nikki, Micah ile yeniden bir araya gelir ancak kötü haberler vardır. Maya ise Alejandro ile kalmak ya da Sylar'la gitmek arasında bir seçim yapmak zorundadır.

Teksas'ta Peter, Adam'ın Shanti virüsü hakkındaki yanıltıcı hikayesi yüzünden eski arkadaşlarıyla karşı karşıya gelir. Micah, Monica'yı kurtarmak için annesinin yardımına başvurur. Maya, yeni arkadaşı Sylar hakkındaki gerçeği öğrendiğinde şok olur. Elle, babasını gururlandırmaya çalışır.